Die Bürgerspitalkirche ist dem Hl. Sebastian geweiht. Die Grundsteinlegung erfolgte 1663 durch Stiftung des Stadtpfarrers Barthlmä Cruziger. Vollendet wurde der Bau 1664.

Ein großer Teil der heutigen Innenausstattung, zu der auch einige Werke von Josef Ferdinand Fromiller zählen, wurde im zweiten Viertel des 18. Jahrhunderts angefertigt.

Während der Besatzungszeit der Franzosen Anfang des 19. Jahrhunderts wurde die Kirche als Getreidelager benutzt. Bei der anschließenden Wiederherstellung erhielten alle Statuen weiße Fassungen, die Altaraufbauten wurden mit Ölfarbe überstrichen. Erst 1967 wurde der Innenraum grundlegend restauriert. 2007/08 wurde die Fassade saniert, ein Holzportal entfernt und der Eingang mit einem Glasdach versehen.

2015 wurde Cartiasdirektor Dr. Josef Marketz Rektor der Bürgerspitalkirche. Seitdem dient die Kirche als Ort für sozial-spirituelle Angebote.